Светлана Жакупова окончила Целиноградский государственный педагогический институт и Алматинскую академию экономики и статистики.
Трудовую деятельность начала в 1984 году учителем Каройской средней школы в Карагандинской области. С 1997 по 2008 год работала в Акмолинском областном филиале РГКП "Государственный центр по выплате пенсий".
С 2008 по 2011 год возглавляла департамент социального обеспечения и социального страхования в Министерстве труда и социальной защиты населения. В 2011 году стала руководителем программы Проектного офиса "Национальные информационные технологии".
С 2013 по 2019 год Светлана Жакупова была заместителем министра труда и социальной защиты населения. В 2020 году назначена на должность заместителя генерального директора Государственного фонда социального страхования МТСЗН. С 2020 по 2023 год являлась национальным экспертом по вопросам социального развития Программы развития ООН. В июне 2023 года стала уполномоченной по правам социально уязвимых категорий населения при Президенте.
2 сентября 2023 года Президент Касым-Жомарт Токаев назначил Светлану Жакупову министром труда и социальной защиты населения.
27 января 2026 года указом Президента Светлана Жакупова была освобождена от должности.
